W zakresie Eksportu przesyłek do ELIXIR-C zapewnione są następujące mechanizmy ochrony danych:
kontrola - sprawdzanie zgodności pól z typem danych i ich merytoryczną zawartością;
autoryzacja - tworzenie bloku skrótu w formacie ELIXIR; obliczanie skrótu SHA-1 z bloku BIF, zaszyfrowanie go kluczem prywatnym znajdującym się w urządzeniu kryptograficznym i sformatowanie pola podpisu w formacie ELIXIR, umieszczanego w rekordzie kończącym blok BIF;
utworzenie pliku - przygotowanie i wysłanie pliku w formacie wymaganym przez ELIXIR-C.
W zakresie Import przesyłek z ELIXIR-C zapewnione są następujące mechanizmy ochrony danych:
odbiór zakodowanego pliku z serwera FTP;
autoryzacja otrzymanego pliku, weryfikacja podpisu cyfrowego w formacie ELIXIR; zliczanie rzeczywistej wartości skrótu SHA-1 bloku BIF, odczytanie pola podpisu w formacie ELIXIR, uzyskanie certyfikatu klucza publicznego podpisującego, rozszyfrowanie bloku skrótu i porównanie wartości oryginalnej skrótu z rzeczywistą;
wczytanie do tabeli przejściowej w systemie MULTICENTAUR.